El Parque Bicentenario es el resultado de la reconversión de la que fue históricamente la refinería más importante del centro del país, que fue cerrada en 1988, como parte del proceso de relocalización de plantas y empresas contaminantes en la Ciudad de México. El cierre definitivo se realizó por medio de un acuerdo con el Gobierno Federal que establece la donación de 55 hectáreas para la construcción de un gran parque público en el norte de la ciudad. Pemex (Petróleos Mexicanos), estuvo a cargo del procedimiento de remediación y limpieza de los suelos. Mientras se realizaban estas tareas de remediación se llamó a un concurso nacional en 2006 y después se desarrolló el proyecto ejecutivo. El grupo de trabajo estuvo constituido por Mario Schjetnan y GDU, Legorreta Arquitectos, Sordo Madaleno Arquitectos y Papalote Museo del Niño.
El desmantelamiento del sitio no dejó en pie ninguna de las estructuras industriales, por lo que el plan maestro propuso un parque totalmente nuevo, conformado por áreas independientes pero complementarias, que permitieron su materialización en etapas. Estas áreas se caracterizaron como “jardines” diversos: Natura, (Jardín Botánico); Viento (Canchas deportivas); Tierra (Zonas verdes y de día de campo); Sol (Museo de las energías) y Agua (lago y planta de tratamiento). El Jardín Natura desarrollado por Schjetnan-GDU, con una superficie de 8 hectáreas, se localiza en la parte noreste del sitio, constituyendo el principal acceso peatonal al parque, en relación con la estación pre-existente del Metro “Refinería”. Natura se desarrolla como una serie de jardines que representan los nueve biomas más significativos de México; cuatro de ellos son áreas abiertas y tres se concretan con invernaderos acondicionados bioclimáticamente que aparecen como hitos en el paisaje urbano. El orquidario, localizado adentro de lo que fue una gran cisterna en la ex - refinería, se cubrió, creando un espacio mágico de 100 m. x 15 m.
El emplazamiento de los distintos biomas se localizó de acuerdo a consideraciones de análisis micro-climáticas, definiendo además las profundidades de los sustratos necesarios para las distintas especies vegetales, dando por resultado una secuencia de niveles de cada jardín. Cada invernadero se modeló con programas computacionales bioclimáticos, logrando climas propicios para las distintas especies, sin necesidad de máquinas de clima artificial. Igualmente, se diseñó un sistema de captación de aguas de lluvia que encausa el agua a cisternas subterráneas para su posterior infiltración en el subsuelo, a 85 m. de profundidad. También se incluyó una planta o “granja” de energía solar para el movimiento de las bombas de agua de los estanques. Por último, todo el sistema de alumbrado del parque es a base de lámparas con celdas solares.